Ngày 26 tháng 3 năm 1964, trường Cán bộ Quân - Dân y Trung Trung Bộ (tiền thân của trường Đại học Kỹ thuật Y Dược Đà Nẵng ngày nay) ra đời tại Sông Re, huyện Sơn Hà, tỉnh Quảng Ngãi theo Nghị quyết của Thường vụ Khu ủy Quân Khu V và sự chỉ đạo của Ban Quân dân y Khu V nhằm phục vụ yêu cầu của công cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, nhu cầu bảo vệ, chăm sóc sức khỏe nhân dân trên địa bàn.
Đến năm 1966, trường được tách ra thành hai trường: trường Trung cấp quân Y thuộc Bộ tư lệnh Quân Khu V và trường Cán bộ Y tế Trung trung bộ thuộc ban Dân Y đóng tại miền Tây tỉnh Quảng Ngãi.
Trong giai đoạn năm 1963 đến năm 1975, đơn vị đã đào tạo 1.202 cán bộ y tế các ngành: điều dưỡng, hộ sinh, dược sĩ và y sĩ chủ yếu phục vụ ngay cho chiến trường.
Sau năm 1975
Sau ngày đất nước thống nhất, toàn bộ cơ sở vật chất của trường chuyển về thành phố Đà Nẵng.
Ngày 2 tháng 6 năm 1976, Bộ Y tế đã quyết định đổi tên trường thành trường Trung học Kỹ thuật Y tế Trung ương II đóng tại thành phố Đà Nẵng.
Từ năm 1975 đến năm 2005, nhất là giai đoạn sau ngày giải phóng miền Nam, nhiệm vụ hết sức cấp bách của trường là phải đào tạo khá lớn đội ngũ cán bộ Y tế cho khu vực Miền Trung - Tây Nguyên nhằm phục vụ cho việc khắc phục những hậu quả của chiến tranh, chăm sóc sức khỏe nhân dân, xử lý các dịch bệnh đang lan tràn, nhất là ở các vùng nông thôn, các khu lao động nghèo ở thành thị, vùng đồng bào các dân tộc.
Năm 2006 Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ký Quyết định 907/QĐ-BGDĐT, nâng cấp thành trường thành trường Cao đẳng Kỹ thuật Y tế II trực thuộc Bộ Y tế.
Ngày 15 tháng 4 năm 2013, Thủ tướngChính phủ đã ký Quyết định 595/QĐ-TTg thành lập trường Đại học Kỹ thuật Y Dược Đà Nẵng trực thuộc Bộ Y tế trên cơ sở nâng cấp trường Cao đẳng Kỹ thuật Y tế II.
Ngày 14 tháng 4 năm 2015, trường tổ chức khai trương Trung tâm Chẩn đoán Y khoa trực thuộc trường.
